19e siècle: Invasion napoléonienne et guerre d'indépendance

En 1807, les troupes napoléoniennes traversent la frontière du Bidassoa. Si ces soldats se présentent d'abord comme des « alliés », on les considère vite comme des « envahisseurs » par la suite. Gipuzkoa ne sera le théâtre d’aucune grande bataille jusqu’à la fin de la guerre, lorsque les troupes alliées des Anglais, Espagnols et Portugais infligent une défaite à l’armée française, la poursuivant même sur ses terres au-delà de la frontière. Si la bataille de San Marcial à Irun, sur le fleuve Bidassoa, oppose 40 000 combattants, la plus lourde conséquence de la guerre reste sans aucun doute l’incendie de la quasi totalité de San Sebastián (ces deux événements surviennent le 31 août 1813).