La Convention à San Sebastián
Le 7 mars 1793, la Convention française déclare la guerre à l’Espagne des Bourbons. Cette déclaration survient après plusieurs mois de tension, durant lesquels les Juntas Generales se fortifient et installent progressivement ses armées sur la frontière. L’entrée des troupes françaises, en avril, provoque le démantèlement de la muraille et du château de San Sebastián pour que ses canons puissent défendre le fleuve Bidassoa, au niveau duquel l’entrée des Français est contenue temporairement. En août, toutefois, les troupes françaises parviennent à entrer par la Navarre et prennent Irun et Hondarribia. La députation abandonne alors San Sebastián pour se réfugier à Getaria. Les Français continuent d’avancer et, bien que la Province n’est pas occupée dans son intégralité, San Sebastián capitule le 4 août 1794. La reddition sans résistance militaire incite Godoy, ministre de Carlos IV, à critiquer l’entente entre San Sebastián et les Français. Il récrimine à la ville ses échanges commerciaux, culturels et même politiques avec la France. Et ces accusations s’intensifient lorsque les Français revendiquent d'obtenir le Gipuzkoa dans l’accord mettant fin au conflit.
Le 14 août, la Junta General réunie à Getaria élabore un accord qu’elle propose à la France. Les conditions de ce texte stipule que Gipuzkoa obtient le droit de constituer comme un état libre et neutre, placé sous la protection de la République française. De même, les Français ne demandent pas à Gipuzkoa de rendre les armes et n’interviennent pas dans les affaires du gouvernement. En échange, la Province offre sa collaboration aux troupes françaises. Si les membres de la Convention semblent prêts à accepter cette proposition dans un premier temps, ils choisissent finalement de demander l’intégration de Gipuzkoa au territoire de la République française. Ainsi, les représentants de la Convention prononcent la dissolution de la Junta de Getaria, emprisonnent plusieurs de ses membres et remplacent le consistoire de San Sebastián par une commission de douze membres (dont un seul provient de San Sebastián).
En réaction à la conquête, de nombreux habitants prennent la fuite en abandonnant leur maison. De leur côté, les Français confisquent des biens, obligent les commerces à ouvrir pour garantir l’approvisionnement des troupes, arrêtent les membres du clergé et ferment églises et couvents. En avril 1795, certaines maires suspendues antérieurement sont remises en service, mais sous la vigilance d’une administration supérieure française. Cette situation perdure jusqu’au 22 juillet, date de signature de la Paix de Bâle, publiée le 5 septembre 1795.
Les conséquences pour San Sebastián, toutefois, ne prennent pas fin avec la guerre. Les accusations de connivence portées par Godoy lors de la capitulation d'août 1794 débouchent sur la tenue d’un procès militaire à Pamplona. Les officiers et les chefs de la garnison de San Sebastián sont arrêtés, tout comme les membres de la corporation de 1794 et de nombreux habitants. Les châtiments varient : certains sont condamnés à l’exil, d'autres à la privation perpétuelle de fonctions municipales, à la suspension définitive dans le cas des militaires, à plusieurs peines de prison, et même à la peine de mort par pendaison, dans le cas du fugitif José Javier Urbiztondo.
