Consolidation institutionnelle
Institutionnalisation des « Juntas Generales » et « Diputaciones »
Le poids et le développement du gouvernement provincial exige l'institutionnalisation du Conseil Provincial, chargé de l’exécution des dispositions du Conseil. Certains auteurs défendent l'existence, dès le XVe siècle, de députés (conseillers) ou commissionnaires, chargés de veiller à l'exécution des décisions et résolutions du Conseil, bien que son institutionnalisation se situe au milieu du XVIe siècle, probablement en raison du poids et du développement du gouvernement provincial. Ainsi, en 1549, on retrouve une demande, mise en œuvre en1550, de désignation de Conseillers Généraux, exécuteurs des décrets du Conseil. Le poste de Conseiller est tournant, en fonction de la ville de résidence du Corregidor (Saint-Sébastien, Tolosa, Azpeitia et Azkoitia), lieu de résidence également temporaire. Le premier conseiller élu de cette manière est Joan López de Olazábal, Maire de Tolosa, qui sera remplacé par Martín Ibáñez de Jausoro lorsque le Corregidor (Officier de Justice) s’installe à Azkoitia. Ce système mettra encore 4 ou 5 ans à se consolider, mais son succès est évident à partir de 1567, lorsque, outre le conseiller, toute une institution collégiale est désignée, la Diputación (Conseil Provincial), composé de quatre conseillers élus par chacun des Conseils parmi les hommes les plus importants des différentes villes (Saint-Sébastien, Tolosa, Azpeitia et Azkoitia – en représentation de la province -, le Corregidor - en représentation du monarque - , et le régiment de la ville correspondante – en représentation des Villes -).
Pendant cette période, le Conseil Général est renforcé et il devient un acteur clé de la Couronne de Castille pour la défense du territoire. Son fonctionnement et son organisation sont identique à celui de la période précédent, mais certains changements ont été introduits et ses pouvoirs ont été élargis, compte tenu de la nouvelle situation politique et économique.
Le système de vote des Juntas generales se consolide dans un contexte non exempt de tensions, toutes les villas ne disposant pas du même pouvoir : chaque villa vote en fonction de son nombre de fuegos (familles). Ainsi, San Sebastián, Tolosa, Segura et Ordizia comptabilisent un plus grand nombre de votes, en raison de leur population plus élevée, mais également grâce aux nombreux villages qui se trouvent sous leur gouvernance. Cela ne signifie pas qu’elles représentent mieux les intérêts de ses habitants. En effet, chaque villa a « aristocratisé » ses institutions internes et c’est l’élite économique, celle des familles enrichies grâce à l'industrie du fer et au commerce (très souvent des descendants des parientes mayores), qui détient le pouvoir, d’abord dans chaque localité, ensuite dans les institutions provinciales.
Gipuzkoa se dote, durant cette période, d’un nouvel instrument juridique, contenu dans la Recopilación Foral (Compilation) réalisée par Zandategui et Cruzat en 1583. L'une des caractéristiques du gouvernement provincial à l'égard de la Couronne de Castille est le Pase Foral, qui est le pouvoir du Conseil de respecter mais de ne pas appliquer les dispositions de la Couronne jugées contraires aux « Fors » du Gipuzkoa.
Hidalguía universelle
Ce processus d’ « aristocratisation », mentionné ci-dessus, est accompagné d'un concept paradoxal en théorie, mais qui s’est avéré très efficace dans la pratique : la hidalguía universelle. La hidalguía (état et condition des hidalgos), un degré moindre de noblesse octroyant liberté juridique et exemption de certains impôts personnels, fut obtenue par les villas, en premier par celle de Tolosa, puis par d’autres au cours du 14e siècle. Du fait que la juridiction des villas s’étend à l’ensemble du territoire, les hameaux ruraux voisins en bénéficient également. L’association des concepts traditionnels du solar et de la parenté avec l’initiative sociale et économique des villas donne naissance à une classe noble développée qui fabrique (« qui travaille avec ses mains » dans le langage de l’époque) et fait du commerce. Le vilain et le noble, concepts antithétiques en Castille, constituent la base juridique de Gipuzkoa.